Sitôt connue la décision de la CPI, et malgré une protestation internationale unanime, le GoS a ordonné à treize organisations humanitaires étrangères de plier bagage dans les 24 heures : quelque 6500 personnes représentant près de la moitié de leurs effectifs ont dû quitter le territoire. Leurs ordinateurs et autres matériels ont été saisis. Action contre la Faim, Care International, Conseil norvégien pour les réfugiés, Cooperative Housing Foundation International, French Solidarity Organization, Inernational Rescue Committee ADCO, Mercy Corps, Médecins sans Frontières (France et Pays-Bas), Oxfam/Royaume-Uni, Save the Children (Royaume-Uni et USA), Solidarité et Fonds humanitaire collectif US sont des partenaires esssentiels des NU qui assurent près de la moitié des secours sur le terrain. Avec leur départ, plus d'un million de personnes se retrouvent dépourvues d'eau potable, d'aide alimentaire et d'accès aux soins. Le Président a d'abord prétendu qu'il fallait remettre au Soudan la responsabilité de l'aide avant de se déclarer, à l'issue de la visite qu'il a faite en Libye à la fin du mois de mars, prêt à «  accueillir de nouveaux partenaires humanitaires  » pour remplacer les ONG internationales expulsées du Darfour.

Trois ONG nationales, accusées d'avoir fourni des informations au procureur Luis Moreno-Ocampo, ont été fermées d'autorité : Amal, qui soigne les victimes de tortures, le Centre humanitaire pour le développement et l'environnement et l'Organisation soudanaise pour le développement social, qui intervient auprès des quelque 700 000 déplacés et paysans démunis dans tout le pays – les trois régions du Darfour mais aussi les monts Nuba, les deux États du Kordofan avec ceux du Nil bleu et de Khartoum. Ces décisions, contre lesquelles s'est élevé le Conseil de toutes les Églises africaines, sont contraires à la Constitution. Leur effet risque d'être particulièrement dramatique au moment où se déclare une double épidémie de méningite et de choléra : selon Abd el Wahid al-Nour, plus de 400 cas ont été diagnostiqués.

John Holmes, secrétaire général adjoint des NU aux affaires humanitaires et coordinateur des secours d'urgence, évalue avec le gouvernement les conséquences de l'expulsion ou de l'interdiction de ces organisations en matière de fourniture d'eau potable, d'assainissement des eaux usées, de campagnes de vaccination et de lutte contre les épidémies, mais reconnaît bien les autres manques.

Les conséquences au Sud – Comme d'habitude, les expulsions des ONG ont été décidées par Béchir sans consulter Salva Kiir, son partenaire sudiste au sein du gouvernement d'unité nationale, ce qui n'arrange pas les relations déjà tendues par l'éventualité d'une reprise des combats. Le GoSS a assuré les ONG travaillant au Sud de son soutien en leur demandant d'y rester et de poursuivre leur travail, et il a invité celles qui interviennent au Nord à rester « chez nous ». Cependant, dans les trois zones au statut particulier – Abyei, les monts Nuba et l' É tat méridional du Nil Bleu – il est difficile de dire quelle autorité l'emportera : le MLPS a bien souligné qu'il restait maître à bord alors que la Sécurité a chassé des ONG de ces territoires. L'ALPS pourrait intervenir pour protéger celles dont dépend la survie de milliers d'habitants.

Il n'en reste aucune au Sud-Kordofan, selon Sara Pantuliano de l'Institut britannique de développement à l'étranger. D'après les NU, les ONG expulsées de cet É tat fournissaient une aide nutritionnelle et médicale à 800 000 personnes, de l'eau et des services d'hygiène à 400 000 et une aide alimentaire à 200 000. Les gens sont découragés par l'absence de résultat de l'Accord de paix et ils ne comprennent pas que la CPI ait oublié leur calvaire.

À Abyei, certaines ONG ont cherché à faire le lien entre les belligérants, à construire des ponts entre eux, à les engager sur la voie du dialogue et de la paix, à surveiller et contrôler les engagements pris de part et d'autre. Leurs représentants ont parfois été les seuls interlocuteurs et conseillers dans des régions les plus sensibles et oubliées.

Le personnel soudanais des ONG expulsées vit dans la peur. Beaucoup se sont vu retirer leurs passeports, voler leurs ordinateurs et téléphones portables, leurs appareils photos et caméras. Ils ont été ont été intimidés, interrogés, menacés d'arrestation, ont vu leurs noms publiés dans la presse qui les accuse d'espionnage. Les ONG encore présentes sur place restent prudentes et ne s'engageront pas sur des programmes sensibles tels que l'aide aux victimes et le soutien médical (IRIN, 20/03).

«  Un convoi de véhicules transportant des armes illégales a été bombardé à la mi-janvier  » près de Port-Soudan, a reconnu le ministre des Transports Mabrouk Moubarak, ajoutant que les contrebandiers «  utilisent la pauvreté des gens de l'Est et de l'Érythrée pour faire du commerce illégal  ». Cette attaque, qui a fait une quarantaine de morts., a été menée par la chasse israélienne contre 17 camions transportant un chargement d'armes destinées au Hamas qui contrôle la bande de Gaza. D'autres avions ont bombardé cinq bateaux de pêche sur la mer Rouge , faisant au moins 25 blessés. Selon le quotidien israëlien Yédioth Aharonot , «  les Iraniens cherchent à établir au sud d'Israël une base de roquettes capables de toucher Tel-Aviv  ». Le Président égyptien et les USA insistent pour que le Soudan «  cesse de faire passer des armes en Égypte  » (AFP 26/03, Libération 28/03).

Al-Zawahiti, numéro 2 d'A-Quaeda , estime que le régime soudanais « récolte ce qu'il a semé   » en expulsant Oussama ben Laden vers l'Afghanistan. Dns une vidéo diffusée sur internet, il invite Béchir au repentir et le peuple soudanais, au djihad contre l'Occident (AFP 25/03).

Deng Alor , ministre des Affaires étrangères du GoSS, et Pagan Amun, secrétaire général du MLPS, sont partis aux États-Unis après la nomination, par le président Barack Obama, du général retraité Scott Gratian comme envoyé spécial au Soudan. Ils souhaitent discuter de la mauvaise application du CPA (ST 28/03).