Ahmed Osman el Mirghani, président du Conseil de Sécurité du Soudan entre la chute de Nimeiri (1986) et le coup d'État de Béchir (1989), est mort à Alexandrie et a été inhumé à Khartoum après que les honneurs militaires lui aient été rendus. La cérémonie à la crypte familiale rassemblait Béchir, des membres de son gouvernement, des chefs de partis politiques, des religieux soufis, d'autres musulmans des chrétiens et des diplomates. Son frère Mohamed el Mirghani, chef du Parti démocratique unifié, est ensuite retourné au Caire où fut signé, en juin 2005, l'accord du Caire, garanti par le gouvernement égyptien qui n'a pu le faire respecter par Khartoum.

Début novembre , Deng Alor, ministre des Affaires étrangères du GoS, s'est rendu en Égypte. Il s'est entretenu avec le président Moubarak des efforts de paix arabo-africains et de l'Initiative du Peuple du Soudan. Il a reconnu que son ministère avait convoqué à son insu les ambassadeurs d'Éthiopie et du Kenya à propos des « trafic d'armes » de leurs pays avec le Sud-Soudan.

Salva Kiir déplora, lors du lancement de « l'Initiative », la situation humanitaire désastreuse au Darfour. L'accord donné par certains chefs du parti Umma à cette même « Initiative » et leur présence au Forum ont sérieusement mécontenté leur base, notamment darfourie. L'Umma, le Congrès populaire et le Parti communiste, qui sont dans l'opposition, ont cosigné une lettre à Béchir dans laquelle ils écrivent que tous les partis politiques auraient dû être invités.

Selon Nafi'Ali Nafi', le CN s'oppose à la réunion du Darfour dans une seule région et refuse qu'il soit mieux représenté au gouvernement.

Élections – Les lois sur la presse ou la sécurité nationale doivent être révisées avant les élections, et conformément au CPA, les frontières Nord-Sud doivent être délimitées ; or la médiation sur Abyei ne sera pas définie avant 6 mois. La campagne électorale et les élections doivent avoir lieu en saison sèche, de novembre à avril, or la Commission électorale nationale, nommée ce mois, ne commencera à travailler que début décembre et rien ne pourra être fait avant mai. Le MLPS est en plein dilemme : tenir les élections à temps se ferait au bénéfice du CN qui gagnerait des sièges, les retarder minerait le CPA. Salva Kiir a ré-affirmé que l'autodétermination est un droit constitutionnel du Sud et d'Abyei. Même si la priorité est à l'unité, « jusqu'à présent presque rien n'a été fait pour le développement du Sud-Soudan » a-t-il ajouté.

Les forces politiques du Sud-Soudan jugent que les biais du recensement, reconnus et documentés par diverses institutions, peuvent affecter les résultats. En raison du rapatriement incomplet des déplacés et réfugiés et de la forme inadéquate des questionnaires, on ne peut savoir si les gens sont du Nord ou du Sud, ce qui empêchera de s'opposer « à ce que le Soudan soit un État arabo-musulman ».

Le 28 novembre, les NU ont proposé un report d'au moins 3 mois pour les élections, sinon jusqu'en 2010. Du coup, les sudistes craignent que le référendum d'autodétermination prévu en 2011 ne soit lui aussi repoussé.