L'ONG britannique Save the Children a indiqué que la mortalité infantile restait élevée au Sud-Soudan. Depuis la signature de l'accord de paix, peu de progrès ont été faits pour protéger la santé des enfants puisque un sur quatre meurt avant l'âge de cinq ans de maladies bénignes - malaria ou diarrhée. Peu de gens ont accès aux soins médicaux puisqu'il y a un médecin qualifié pour 100.000 personnes. Les promesses de 2005 de créer des systèmes sanitaire et éducatif payés par les revenus pétroliers ne se sont pas concrétisées. L'ONG en appelle au GOSS et aux pays donateurs pour qu'il investissent plus d'argent dans l'éducation et la santé.