L'insécurité sévit toujours surtout dans l'Etat de Jonglei depuis juillet 2007 à la suite de vols de bétail aussitôt suivis de représailles (56 morts). De nouveaux incidents ont éclaté en novembre à l'hôpital de Bor dirigé par MSF et fait sept victimes, (ST, 30/11/2007) à la suite d'une attaque de Murlés contre un camp de bétail tenu par les Dinkas Bor. 27 tués dont 20 Dinkas et 48 blessés, 23 furent transportés au même pavillon des urgences à Bor où la tuerie se poursuivit. 7000 têtes de bétail furent volées. Bor, jadis dominé par les Dinkas, devient pluriethnique. Les Murlés quittent la ville par peur des représailles. Les forces armées conjointes y sont déployées, imposant un couvre-feu de 20 h à 7 h du matin.

Le 21 décembre, attaque d'un autobus sur la route de Bor: un soldat de l'ALPS a été tué et neuf civils blessés dont trois enfants. Le lendemain, le même groupe tua un fermier et emmena 50 vaches près de Deer. (ST, 24/12).

Le 19 décembre, des Mudaris attaquent un camp de bétail Dinka près de Bor : quatre morts. Un comité de seize personnes réglera ces litiges à l'avenir. La sécurité semble rétablie sur l'axe Bor-Juba et au sein des communautés Bor et Mudari où déplacements et commerce ont repris.

Le président de l'assemblée de Jonglei, Judi Jonglei, rejette les allégations de collusion avec Khartoum qui transformeraient les Murlés en milices armées.

Kuol Manyang, nouveau gouverneur de Jonglei, veut faire du désarmement des populations civiles une priorité or celles-ci refusent d'être ainsi affaiblies et devenir des proies vulnérables.

Salva Kiir a mis en place une commission de cinq membres pour faire la lumière sur la tuerie de dix policiers par des soldats de l'ALPS le 4 novembre à Yambio. Les policiers s'opposaient à la libération d'un soldat de l'ALPS soupçonnée d'avoir tué un autre soldat. Il a ordonné que deux compagnies de l'ALPS remplacent l'unité des forces conjointes à Yambio. (ST, 18/12).

Les incidents se multiplient aux abords de la frontière à la suite de l'arrestation par l'ALPS d'un éleveur Misseriya (70 morts). La tension est vive entre ALPS et pasteurs nomades jadis engagés dans les milices à la solde de Khartoum. Les Misserya du Sud Kordofan auraient attaqué une base de l'ALPS au nord du Bahr-al-Ghazal, puis une nouvelle attaque des muhahilin, milice d'Etat, a eu lieu, soutenue par les Forces de défense populaire appuyées par les Forces armées du Soudan.

Salva Kiir a demandé à l'ALPS d'arrêter cette escalade afin de rétablir la sécurité dans la région. Le ministre de l'Intérieur du gouvernement central a rappelé que la libre circulation était un droit pour tous dans tout le pays et que nul ne pouvait s'y opposer, ajoutant que le port des armes était interdit sauf pour les personnes dûment autorisées. Il semble avoir oublié que les pasteurs nomades Misseriya furent armés par Khartoum tout au long de l'interminable guerre nord-sud afin de prêter main forte aux troupes gouvernementales. (ST, 29/12/07). Ces incidents à répétition se produisent étonnamment alors que le MLPS a choisi de reprendre sa place au sein du gouvernement d'unité nationale.

Salva Kiir a dénoncé à Wau les « ennemis de la paix » qui cherchent à torpiller l'accord en semant le désordre dans le Sud. Il a renouvelé son souhait de laisser entrer dans le Bahr al-Ghazal les pasteurs Misseriya pour faire paître et abreuver leur bétail. Il a souligné la nécessité de renforcer la coexistence pacifique entre Nord et Sud et souhaité que la frontière devienne un espace de rencontre entre « fils d'une même patrie ».

En raison de ces incidents le HCR avait suspendu en décembre le rapatriement des réfugiés vers Jonglei. Les rotations ont repris le 24 janvier à raison de quatre vols par semaine en provenance du camp de Kakuma au nord du Kenya (46 000 réfugiés soudanais).

L'insécurité n'est heureusement pas la règle dans le Sud. Busho Ndinyenka, consul général ougandais à Juba, déclare que les 7 à 10 000 ressortissants ougandais entrés au Sud-Soudan pour faire du commerce ne seraient plus victimes de violence – plus de vingt ont été tués en 2007. De nombreux cas de viols, de vols et d'intimidation étaient à déplorer. Les soldats de l'ALPS ont été souvent pointés du doigt comme responsables de ces violences.

Les Ougandais de Juba se sont organisés en association avec des représentants pour les aider à régler problèmes juridiques et commerciaux.