Après le retrait des ministres du MLPS du gouvernement d'unité nationale, le dialogue est renoué avec Khartoum avec la nomination au gouvernement fédéral le 26 décembre 2007 de sept ministres, six ministres d'Etat et trois conseillers présidentiels. Disparaissent Lam Akol, Telar Deng et Aleu Ayieney : ces deux derniers sont exclus du MLPS. Les spéculations et les rumeurs sur les circonstances de la mort de John Garang continuent de circuler et d'empoisonner le climat au sein du MLPS. (ST, 06/01). Les nouveaux ministres du MLPS auront la lourde tâche de veiller à ce que les dispositions de l'accord de paix soient rapidement concrétisées, à savoir la mise en place du recensement, le partage des revenus pétroliers, le redéploiement des troupes et le statut d'Abyei.

Le recensement

Reporté à deux reprises, il devrait débuter le 15 avril. Le MLPS et le CN se sont tous deux engagés à financer en partie cette opération. Salva Kiir a invité les responsables des communautés des Etats du Sud à faire tout leur possible pour mener à bien ce recensement, indispensable à la tenue en 2009 des premières élections démocratiques. Les questions de religion et d'origine ethnique que le MLPS veut voir figurer dans le questionnaire ont finalement été acceptées par le CN. James Wani Igga, président du parlement du Sud, regrette l'indifférence de la communauté internationale et le retard pris par rapport aux engagements, notamment sur le manque de fonds pour financer l'opération. Le recensement ne pourra commencer dans le Sud le 15 avril alors que le personnel compétent n'a pas encore été recruté et les véhicules indispensables ne sont toujours pas commandés (ST, 30/01). Ceci est d'autant plus préoccupant que la saison des pluies commence en mars et que l'absence de routes va ralentir voire rendre impossible tout déplacement.

Délimitation de la frontière

Selon l'accord de paix, le tracé précis de la frontière entre Nord et Sud devrait se caler sur le tracé initial du 1er janvier 1956. A ce jour, la frontière reste à définir et Khartoum ne semble guère pressé d'appliquer cette clause afin d'accéder aux champs pétrolifères au sud de la frontière. Y maintenir le flou permet au Nord d'accéder au pétrole du Sud et de limiter les prétentions du Sud au partage des richesses prélevées dans une zone aux contours encore indéterminés . Le MLPS accuse Khartoum de ne pas partager les profits de la manne pétrolière et réclame un milliard de dollars. La commission sur la frontière nommée par Khartoum pourrait être entravée dans son travail par manque de moyens financiers et de personnel compétent. La survie de l'accord de paix et l'avenir du Sud-Soudan passent par le tracé précis d'une frontière.

Lors des célébrations du 14 janvier pour la journée de la paix à Wau, Salva Kiir a souligné qu'il était urgent de régler le problème de la frontière Nord-Sud et du statut d'Abyei qui sont liés à la question du recensement en préalable au processus électoral.

Abyei

En raison de ses richesses pétrolières estimées à 6 milliards de barils, cette zone convoitée par le Nord et le Sud tarde à se voir attribuer ses frontières selon le tracé de la commission internationale prévu par le traité de paix. Cette région stratégique représente un point de discorde majeur qui pourrait mettre en péril l'accord de paix.

Une perspective de règlement des points litigieux a permis le retour des ministres MLPS vers le gouvernement d'union – un seul reste à résoudre : le statut d'Abyei . Pour sortir de l'impasse, Condolezza Rice avait proposé une médiation à Salva Kiir avec le soutien de la Chine et de l'Arabie Saoudite. Jadis opposé à cette mesure, Khartoum n'est plus hostile à demander une médiation internationale si tous les mécanismes internes échouent, a affirmé Mutrif Siddiq Ali, sous-secrétaire aux Affaires étrangères (ST, 17/12). En attendant, la tension règne dans cette région. Des dizaines de milliers de réfugiés sont rentrés à Abyei avec l'accord du gouvernement du Sud mais aucune infrastructure n'est en place pour les accueillir. Outre l'afflux massif de réfugiés, les arabes Misseriya soutenus par Khartoum sillonnent Abyei et ses environs et les forces armées des deux camps s'y maintiennent jusqu'à leur remplacement en décembre par les forces de paix de l'ONU: 10.000 hommes déployés le long de la frontière. Edward Lino, président du MLPS à Abyei, est chargé de diriger le district jusqu'à l'installation d'une administration permanente, de contrôler l'application de l'accord de paix et du respect des programmes de l'ONU et des ONG à Abyei. Cependant, le commandant de la 31ème brigade des Forces armées soudanaises jure de ne pas en bouger avec ses 600 hommes jusqu'à ce qu'un accord définitif soit conclu sur la frontière. La tension est palpable et les troupes s'évitent pour échapper à tout affrontement. Le vote de 2009 sera déterminant pour l'avenir de cette région, préalable au référendum de 2011 sur une éventuelle indépendance.

Redéploiement des troupes

L'ALPS a quitté les zones situées au nord de la frontière nord-sud selon les clauses de l'accord de paix qui prévoyait que les troupes se redéploient avant le 9 juillet 2007 sur leurs territoires respectifs. L'ALPS avait interrompu le retrait de ses troupes devant l'inertie des troupes gouvernementales basées dans le Sud. C'est entre autres le non-respect de cette mesure qui avait entraîné le retrait des ministres du MLPS du gouvernement d'unité nationale en octobre 2007. L'accord de décembre permettant aux ministres du Sud de rejoindre le gouvernement d'unité nationale , avançait en préalable le retrait définitif des troupes. L'ALPS a retiré ses 7.000 soldats de la province du Nil Bleu ainsi que 5.000 soldats des Monts Nouba. Le 5 janvier, le conseil de défense conjoint (Joint Defense Board) a accepté de retirer les troupes de l'ALPS et les milices arabes Misseriya loyales à l'ALPS au sud du Bahr al-Arab.

Les troupes gouvernementales omniprésentes dans les zones pétrolifères se seraient enfin retirées au nord de la frontière. Cependant, Taban Deng Gai, gouverneur de l'Etat de l'Unité, riche en champs pétroliers, a dénoncé que les troupes gouvernementales avaient certes quitté leurs casernes mais non le Sud où elles se dissimulaient dans la brousse. Dans les deux sens, la progression a été lente et difficile en l'absence de routes (ST, 10/01). Cependant, le retrait définitif aurait dû s'achever le 9 janvier pour le troisième anniversaire de l'accord de paix. Or, d'après James Wani Igga, président du parlement du Sud-Soudan, le retrait ne serait pas terminé à 100%. (ST, 30/01). Le Conseil de défense des forces jointes tient à maintenir des unités destinées à la surveillance des puits de pétrole, principale source de revenus du pays .

Enfin, les Etats-Unis ont promis d'aider L'ALPS à devenir une armée moderne. Jendayi Frazer, secrétaire adjoint aux Affaires Africaines, a annoncé l'ouverture de bâtiments destinés à l'ALPS, sans préciser le lieu (ST, 28/01).