Il fit partie de l'Umma, mouvement politique d'opposition de son cousin Sadiq el Mahdi, le premier ministre renversé par le coup d'Etat qui amena le régime actuel. Il eut un rôle important dans la formation de l'Alliance Nationale Démocratique qui unissait tous les partis d'opposition, y compris le MLPS. Fadl se sépara de Sadiq en 2002, formant le parti Umma, Réforme et Renouveau, rejoignit le Congrès National (CN) début 2003 et devint conseiller présidentiel. Il fut renvoyé fin 2004 après avoir reçu une invitation des Etats-Unis sans l'autorisation de Béchir.. Il entra dans l'opposition et critiqua la politique au Darfour.

La Sécurité allégua des accusations contradictoires : une tentative de coup d'Etat, des tentatives d'assassinats de membres du gouvernement, enfin l'organisation de sabotages dans Khartoum avec des caches d'armes. On en trouva peut-être, mais sans lien avec lui. Parmi les recherches d'armes illégales effectuées à Khartoum, il y eut de lourds raids sur des bureaux du MLPS sans qu'il en soit informé, ni présent. Un portrait de Garang aurait été lacéré. Le MLPS demanda des excuses ; curieusement Nafi Ali Nafi, assistant présidentiel, déclara l'action « regrettable »

Puis vinrent les explications incompatibles de la Sécurité. Mubarak aurait recherché l'appui de Qaddafi qui l'aurait dénoncé et des Etats-Unis qui ont immédiatement nié. Puis Khartoum minimisa ces faits. La chaîne de télévision Al Jezira reprit cette dernière annonce faite par Nafi Ali Nafi et fut injuriée par Khartoum, ce qu'elle trouva « pathétique ». La presse eut l'interdiction de s'occuper de cette affaire. Selon Sadiq el Mahdi, c'est la cinquième fois que le régime parle de tentative de coup d'Etat, sans arriver à rien.

Un membre du DUP fut aussi arrêté, mais relâché le lendemain. Puis quatorze officiers furent arrêtés, puis en tout quarante-quatre personnes, onze furent libérées, trente trois remis au ministère de la justice, qui lui, parla de 25 personnes. Le gouvernement prétendit établir une commission d'enquête dont les membres ne furent pas informés. L'avocat de Mubarak n'eut toujours pas le droit de lui rendre visite un mois après son arrestation, mais sa famille, si.. Sa santé se détériore. Selon Amnesty International , huit détenus furent lourdement torturés. Pour l'un d'entre eux, Ahmed Salman, membre du DUP, c'était pour qu'il accuse Mubarak el Fadl, dont le journal qui a filtré dans la presse rapporte le désespoir des officiers de Sécurité de ne pas trouver de preuves. On comprend leur désir d'obtenir des aveux. Le MLPS condamna ces détentions illégales. En fait, la réunification du parti Umma se préparait, des liens avec le MLPS existaient, ce qui fait courir un risque au CN pour les prochaines élections et semble avoir été une des raisons de cette arrestation.

Le gouvernement a bien du mal à vendre l'idée de cette arrestation à une opinion publique sceptique.

(Articles de Wasil Ali in Sudan Tribune 14 07, 14 07, 16 07, 16 07, 18 07, 25 07, 28 07 14 07 14 07 17 09 Reuter 14 07 10 08 08 09, 10 09 AP 16 07).