Pour unifier leur positions lors des négociations, quelques rebelles, pour la plupart sans importance militaire et politique, se réunirent à Arusha sous la houlette ferme des médiateurs.

Les grands absents : Abd el Wahid el Nour a refusé, malgré d'énormes pressions soudanaises et internationales, de se rendre à Arusha. Furieux, Khartoum a appelé Madame Robichon, ambassadeur de France, le pays hôte d'Abd el Wahid, pour lui dire son mécontentement du manque de pressions ; certes, elle n'a appliqué ni menaces, ni tortures. Abd el Wahid demanda pour s'impliquer, l'application des cessez-le feu signés en 2004 et 2006 par le gouvernement du Soudan, réclamée par l'Union Européenne, le désarmement des janjawid, l'expulsion des colons des terres africaines, « nos terres», et aussi parfois la présence de la force hybride avec les NU.

Suleiman Jamous fut membre du Congrès National mais suivit Tourabi, ce pourquoi il fut torturé à la prison de Port-Soudan, la pire. Il survécut, fut un coordinateur humanitaire exceptionnel pour l'Armée de Libération du Soudan ; en zone rebelle, il appliqua méticuleusement le droit humanitaire et les droits de l'homme et fit relâcher les enfants soldats. Quand Minni Minawi fit sécession, il resta avec Abd el Wahid. Opposé à l'accord d'Abuja il fut emprisonné et torturé par Minni Minawi, le signataire, dès le 20 05 06. Jan Pronk, alors représentant des NU au Soudan, obtint sa libération le 22 06 06 et le fit transférer à Kadugli, Kordofan, à l'hôpital des NU. Khartoum « punit » les NU en leur interdisant l'aide humanitaire pendant deux jours.

Dès lors, Suleiman ne put sortir de cet hôpital sans être arrêté par Khartoum qui le traite de terroriste alors qu'il n'a jamais eu d'arme à la main et ne s'est occupé que d'humanitaire et de paix. L'hôpital de Kadugli n'eut pas les moyens de diagnostiquer son mal, dû à ses tortures à Port-Soudan. De nombreuses personnalités demandèrent qu'il soit libéré pour être diagnostiqué, puis les insurgés présents à Arusha, qu'il se joigne à eux. Sans succès.

Sur intervention de Ban Ki-Moon, Béchir l'a libéré après Arusha. Il fut emmené au Kenya, l'hôpital des NU refusa son admission, puis avec un viatique onusien misérable de 500 $, au Tchad d'où il espérait le 15 septembre aller dans un Etat occidental pour un diagnostic.

Présentes à Arusha, il y eut neuf factions rebelles. Les cinq minuscules du Front for Liberation and Development, dont le NMRD, surtout tchadien, qui avait déjà signé un accord, le parti de Diraij, sans armée et apprécié dans la diaspora, un petit mouvement arabe; puis quatre très petites factions SLM et le MJE dont le leader. Khalil Ibrahim, sous sanctions américaines, subit de fortes pressions du Tchad pour envoyer son délégué.

La conclusion des rebelles d'Arusha fut d'accepter la feuille de route, à laquelle ils ajoutèrent subrepticement la propriété de la terre, mais ne parlèrent ni de la propriété de l'eau (en particulier souterraine trouvée sous un méga-lac), ni du partage des fonds qui viendraient de la vente d' éventuels minerais. Ils acceptent la médiation des « voisins » avec la présence de la communauté internationale, ainsi que le cessez-le feu s'il est général. Le MJE s'est plaint de l'arrivée dans les villages de 30 000 arabes étrangers. Il demanda des compensations pour le retour dans les villages; et exclut des négociations les Etats qui ont signé un protocole de sécurité avec Khartoum..

Il déclara plus tard qu'en cas d'échec des négociations de Tripoli, il lutterait pour l'indépendance du Darfour. Il ne veut pas appliquer de cessez-le-feu avant la paix.

Salem Ahmed Salem, le médiateur de l'UA voulut monter dans l'opinion des rebelles : il prétendit essayer d'amener le gouvernement à renégocier Abuja en profondeur et à libérer Suleiman Jamous.

Résultat : Des dizaines de milliers de déplacés manifestaient en même temps dans leurs camps du Nord et Sud Darfour. Dans un texte remis à Eliasson, le médiateur NU, ils demandaient :

•  la participation de tous les Darfouriens au processus de paix,

•  la mise en oeuvre de la Résolution 1769 du Conseil de Sécurité,

•  la présentation des criminels à la Cour Pénale Internationale.

Un de leurs dirigeants a déclaré à Al Ayam : «  Le parti du Congrès National démantèle les groupes rebelles pour en supprimer quelques-uns, soutenir certains, modifier les autres ». Et un autre :« Plus vous reconnaissez des individus comme leaders de factions en les invitant, plus de factions il y aura et donc des désordres sur le terrain »