Le Multi Donors Trust Fund (MTDF), qui regroupe la Banque mondiale, chargée de la gestion et 11 pays donateurs, dispose d'un secrétariat de 20 personnes, installé à Juba. Lors d'une conférence réunie à Oslo en avril 2005, le MTDF s'était engagé à apporter immédiatement 500 millions de dollars US, destinés au Nord et au Sud, sur un total de 4,5 milliards. Mais peu d'argent a été versé pour le moment.

Entre avril 2006 et mars 2007, une aide de 85 millions de dollars US a été programmée pour le Sud, consistant essentiellement à réhabiliter des routes et autres infrastructures, à aider à l'administration (bureaux, véhicules, organisation de la comptabilité…), plus une aide d'urgence aux écoles, (1 million de manuels scolaires), et à 840 centres de santé (médicaments et moustiquaires). En janvier 2007, des programmes pour un montant de 140 millions de dollars ont été décidés, dont la moitié avaient été décaissés.

La lenteur du démarrage de l'aide au Sud est reconnue par la Banque mondiale et l'Union Européenne ; leurs représentants pour le Soudan (Ishac Diwan pour la Banque et Pekka Haavisto pour l'UE) ont expliqué les problèmes dans une interview à Sudan Tribune (19 février 2007). La mise en place du nouveau gouvernement n'est pas simple : le décès de John Garang, l'insécurité persistante dans le Sud, l'absence d'administration rodée, le manque d'expérience des membres du GOSS (Government of South Sudan), tout a des conséquences financières : le gouvernement du Sud ayant dû financer des montants plus élevés que prévu dans la sécurité et le salaire des fonctionnaires, il a eu de la peine à financer sa quote-part des projets, ce qui a retardé ceux-ci.

Certains désaccords entre la Banque et le gouvernement ont fait l'objet de discussions : l'hôpital de Juba, l'enregistrement des fonctionnaires, la mise en place de procédures rigoureuses, et l'équilibre entre actions ayant des effets immédiats et celles ayant des effets à moyen terme. Pour l'hôpital de Juba, s'il y a eu accord sur la nécessaire réhabilitation de l'hôpital, la Banque souligne l'intérêt limité de grands hôpitaux et la nécessité des soins de santé primaires. De façon générale, la Banque pousse à des arbitrages plus en faveur des effets à moyen terme et moins vers les effets immédiats, en insistant en particulier sur la mise en place de procédures pour une bonne gouvernance.

Le ministère des Finances et de la planification économique du GOSS a publié en novembre 2006 un document définissant les principes de la stratégie du gouvernement en matière d'aide : alignement de l'aide sur les priorités du gouvernement, coordination de l'aide avec les programmes du gouvernement, planification des volumes et dates de versement, harmonisation entre donateurs, développement institutionnel pour renforcer la capacité du gouvernement et de l'administration, transparence symétrique entre les donateurs et le gouvernement. Le gouvernement donne sa préférence aux dons, et ne souhaite de dons en nature que pour l'aide humanitaire. L'aide ne devrait financer que des investissements et non les dépenses de l'administration. Elle devra avoir des résultats directs et indirects mesurables et le niveau de l'aide ne doit pas dépasser les revenus du gouvernement dans la mesure où celui-ci a accès à des revenus pétroliers.

Nekkar