L'Agence Internationale de l'Énergie Atomique (AIEA) a mis au jour un faisceau d'indices concordants d'un programme nucléaire iranien militaire : construction en secret d'une usine d'enrichissement d'uranium et d'un réacteur d'eau lourde capable de produire du plutonium de qualité militaire ; importation d'équipements et de matériel nucléaire, non déclaré à l'AIEA ; expérimentations comprenant la production de polonium et de plutonium ; possession de documents d'origine pakistanaise expliquant comment modeler la matière fissible pour en faire un engin atomique ; programme d'enrichissement par laser ; rôle avéré du ministère de la défense dans la gestion du programme, etc. La reprise de l'enrichissement d'uranium début 2006, n'a aucune utilisation civile, la centrale électrique de Bushehr, prévue pour fin 2006, sera alimentée par du combustible russe (Études juin 2006).

C'est dans ce contexte que Béchir s'est rendu à Téhéran qu'il a félicité pour sa production d'uranium enrichi. Premier chef d'État étranger à se rendre en Iran après cet enrichissement, Béchir avait dit vouloir créer un programme nucléaire pour la production d'électricité (VS n° 136). L'Ayatollah Khamenei s'est empressé de lui offrir un transfert de technologie nucléaire. Le 20 juin, l'Iran et le Soudan ont signé cinq accords de coopération dont un sur la coopération scientifique et technique, apparemment sans autre détail.