Les hauts postes sont souvent tenus par les Dinka depuis les jours de Garang. Riek Machar, vice-président du Sud-Soudan, sa femme Angelina Teny, plus haut représentant sudiste au ministère du pétrole, sont Nouer comme l'ancien chef des SSDF Paolino Matiep. Ce dernier a fait engager des gens de sa famille, ce qui agace les autres Nouer et son peu de respect des droits de l'homme est inquiétant (HRW mars 2006). Sont toujours là, les vieux reproches des Dinkas sur la scission du MLPS en 1991 et ses conséquences ; les Nouer rappellent qu'ils furent les premiers à combattre l'occupant, d'abord britannique et menacent implicitement que, lors du référendum, ils pourraient préférer les arabes (l'unité) aux Dinka (la séparation). Des accusations de corruption de part et d'autre et même à l'intérieur du camp Dinka. Selon l'analyste Ochoch les difficultés avec les Nouer proviennent de l'absence totale d'autorité dans leur vie traditionnelle. Ils sont braves, indépendants n'acceptent jamais avoir eu tort et, pour eux, les non Nouer ne sont pas de vrais êtres humains. Un autre grand problème est la bagarre entre fractions de Nouer, ce qui a poussé le gouvernement du Sud-Soudan à vouloir les désarmer à leur extrême mécontentement. Matiep, ancien chef des milices SSDF rallié à l'ALPS, se rendit sur les lieux pour calmer les choses.

Sous la houlette du nouveau conseil des Églises du Soudan, une Conférence Inter Etats de Paix et de Réconciliation a réuni des participants des Equatoria Occidental et Central, du Bahr el Ghazal Occidental, de Warrap et de l'État des Lacs. Espérons qu'il tiendra. Salva Kiir est resté un mois au Sud Soudan pour apaiser les tensions. La milice progouvernementale de l'Armée de Résistance Patriotique a rejoint l'ALPS.