Les heurts sur l'application de la paix au niveau national semblent avoir dépassé les possibilités de discussions dans trois domaines. D'abord, les frontières d'Abyei (lire Nos partenaires du CN). Deng Alor, un ministre du gouvernement central originaire d'Abyei, a menacé d'une reprise de la guerre. Le CN fait d'habitude appel à des manœuvres dilatoires soi-disant problèmes techniques ou autres pour ne pas appliquer l'accord de paix. C'est le seul cas où il s'y oppose ouvertement. Ensuite le statut de la ville de Khartoum ne devrait pas, selon l'accord de paix global, appliquer la charia aux Sudistes. Toutefois un comité pour la préparation de la Constitution de Khartoum paraît ne plus vouloir en entendre parler. Le MLPS a proposé une constitution à l'assemblée législative de Khartoum (Khartoum Monitor 03 04) qui a peu de chances d'aboutir. Enfin, un ministre de l'État du Nil Bleu (appartenant au Nord mais ayant des droits spéciaux dans l'accord global de paix), a menacé que son État rejoigne le Sud-Soudan si Khartoum n'appliquait pas l'accord de paix.

Salva Kiir, est conscient que, selon les mots d' International Crisis group , le partenariat dans la paix est instable entre un Congrès National fort et plein de mauvaise volonté et un MLPS très engagé mais faible. Il veut renforcer le MLPS. Le bureau politique comporte 30 membres, une conférence nationale est prévue en mai pour former des corps élus. Pour préparer les élections nationales de 2008, il veut proposer un programme politique pour tout le pays et étendre ses bases au Sud, au Nord et dans les régions marginalisées.

Lazarus Sumbeiywo, qui présida les pourparlers de paix, appelle aux efforts locaux et internationaux pour que le Soudan ne retombe pas dans la guerre.