La plus grande capacité de nuisance de Béchir : la réconciliation Sud/Sud.
Joie le 8 janvier 2005, sous la direction de Paolino Matiep, les SSDF qui regroupent 25 milices sudistes progouvernementales, acceptent de rejoindre l’ALPS. L’accord de paix prévoyait que ces milices devraient rejoindre soit l’Armée soudanaise, soit l’ALPS. Cet accord que Garang n’avait jamais atteint, ces miliciens s’étant unis au régime soudanais, plus par sentiment anti-Dinka et anti-Garang que par affection pour Khartoum, était un grand succès pour Salva. Il impliquait que le gouvernement du Sud-Soudan était maître chez lui. Il suscita donc la fureur de Béchir qui comptait bien garder des troupes lui obéissant en zone pétrolière, semer désordre et discorde au Sud, et plus que tout garder les zones pétrolières en cas de référendum d’autodétermination négatif du Sud. En effet, les miliciens sont des Sudistes et n’ont pas l’intention de quitter le Sud comme ils doivent le faire d’après l’accord de paix s’ils rejoignent l’armée soudanaise.
Béchir fit donc contacter immédiatement des officiers Nouer. « Vous n’êtes pas contents de nous ? On ne vous paie pas bien à la fin de chaque mois ? Vous voulez obéir à ces abominables Dinka etc. ». Tant et si bien que de très nombreux Nouer refusèrent la réconciliation sans toutefois, semble-t-il, choisir l’armée soudanaise. L’ALPS devra-t-elle les chasser du Sud manu militari ? Ce ne serait facile à aucun point de vue. Les troupes des NU qui doivent surveiller le cessez-le-feu s’en occuperont-elles ? Nul ne sait.

Rébecca de Mabior, veuve de Garang et ministre des routes du Sud Soudan, invitée par Bush, déclara à l’université de Washington DC : « Notre plus grand défi est malheureusement avec nos partenaires du Congrès National. Ils essaient de renégocier l’accord de paix, et de miner notre statut au sein du gouvernement d’unité nationale. En examinant les institutions gouvernementales, vous verrez que le CN a établi d’autres institutions parallèles à celles prévues au traité de paix. La plupart de ces institutions …rappellent trop l’ancien régime avec lequel nous avions décidé d’en finir lors de la signature du traité de paix. En même temps nous devons déchiffrer les manquements du MLPS. Si le Nord continue, le Sud Soudan votera pour la séparation... Le Darfour, les Monts Nouba, le Nil Bleu Sud et l’Est suivront. Ce qui arrive au Darfour est inhumain et ne peut garder le pays uni….. ». Elle fait preuve d’une grande loyauté à l’égard de Salva Kiir.

Les Églises s’efforcent beaucoup de faire connaître l’accord de paix et de réussir la réconciliation. Elles ont établi une ONG à Juba qui s’active déjà.

Incidents
Accroc sérieux à la réconciliation, une force ALPS, dirigée par Peter Kong, a cherché à désarmer des unités SSDF, ce qui est contraire au traité de paix hors de procédures particulières. On ignore s’il s’agit de milices « réconciliées » ou non. Les Casques Bleus ne sont pas intervenus. Étaient-ils à proximité ? L’ALPS n’a pas fait de commentaires.
Au Sud-Soudan, des propositions de réconciliation ont rencontré des résistances. On craint qu’elles ne soient prématurées et que ressusciter des problèmes pénibles puisse faire plus de mal que de bien. Des douzaines de civils furent tués dans des conflits entre Zandé et Bor Dinka, dix-huit civils dans des conflits entre Dinka et Moru, quinze, entre Moru et Mbororo, le tout en Equatoria de l’ouest. Une réconciliation a eu lieu entre Zandé et Dinka.

Santé
Une épidémie de kala-Azar tue des milliers de gens (VOA 03 01). Des centaines d’autres personnes sont atteintes par une diarrhée mortelle à Yei (IRIN 07 02).