S’ils sont appliqués, les accords organiseront à terme un changement de système politique par un affaiblissement du pouvoir central. Celui-ci se trouvera encerclé par des institutions telles que la seconde chambre du Parlement qui représentera les régions, par les nombreux comités des États fédérés désormais chargés de la sécurité, des services publics et des finances, par une commission électorale indépendante, par la libre constitution de partis politiques et d’associations, par la liberté de presse  et les droits de l’homme. Sans toutefois mener à un partage des richesses, ces avancées rogneront les prérogatives du pouvoir central. Mais les droits de l’homme sont déjà dans la constitution actuelle avec le succès que l’on sait. Comment le gouvernement tricotera-t-il ces nouveautés ? Organisera-t-il  des élections libres dans trois ans et un référendum dans six comme prévu ? 

 Déjà quelques difficultés avec le Sud s’élèvent : des  frictions concernent la nationalité des 9000 à 10 000 membres de la mission de maintien de la paix des Nations Unies au Sud Soudan qui devrait oeuvrer sept ans jusqu’à la conclusion du référendum. Khartoum encouragerait, susurre-t-on,  la venue de musulmans, Algériens, Pakistanais, Malais, Bangladeshi, parce qu’ils ont toujours soutenu le régime pendant la guerre, de Russes, parce qu’ils lui ont fourni des armes, de Malais et d’Indiens parce qu’ils sont impliqués dans l’industrie pétrolière, toutes catégories de gens que Garang récuserait bien qu’ils se soient proposés. Restent pour l’instant des Kenyans, et éventuellement des Canadiens et des Japonais. L’Union Européenne, quarante-cinq Danois exceptés, n’a pas de soldats à offrir.

Elle a signé un accord qui  permettra de débloquer 450 millions d’euros de 2005 à 2007. Il s’agit des arriérés dus conformément aux accords de Lomé-Cotonou. Ces subsides avaient été suspendus en 1990 du fait du coup d’État et devaient être donnés la paix venue. Depuis, les promesses avaient été repoussées jusqu’à la paix au Darfour. Le 26 janvier, sans nulle explication, ni apparemment information des États-membres, la Commission européenne s’engagea à la libéralité, sans conditions, au grand mécontentement allemand. L’Europe a, du coup, moins de moyens de pression sur Khartoum pour régler le problème du Darfour.

Ce n’est pas que la situation y soit meilleure, bien au contraire. Après un peu de timidité dans les exactions en juillet 2004, due aux visites de Annan et Powell, elles ont repris plus que jamais, l’État semblant vouloir en finir par la force. A l’Est, à Port-Soudan, une manifestation organisée par le Congrès Béja pour remettre ses revendications écrites au gouverneur, a été violemment réprimée. L’armée et/ou la Sécurité ont tiré sur les manifestants, faisant selon eux 24 morts, de nombreux blessés et de nombreux prisonniers. Aucun n’est inculpé, plusieurs ont été torturés, et trente-cinq font la grève de la faim. 
Garang, l’un des rares Sudistes à vouloir l’unité du Soudan, utilisera-t-il son rôle de premier vice-président, pour se coaliser avec  les marginalisés de l’Ouest et de l’Est ? 

Les États-unis ayant accusé Khartoum de génocide au Darfour, une commission d’enquête des NU fut instituée. Pour elle il n’y a pas génocide puisqu’il n’y a pas eu intention : le Soudan voulait chasser les gens de chez eux et non les tuer, les survivants sont mis dans des camps. Il y a eu toutefois crimes de guerre et crimes contre l’humanité que la commission conseille fortement au Conseil de Sécurité de faire juger par le Tribunal Pénal International. L’Union Européenne est favorable au TPI ; les États-unis le  récusent, ils craignent que des Américains n’y soient jugés pour des raisons « frivoles ou politiques » ; ils suggèrent pour l’instant, l’extension au Darfour du tribunal d’Arusha, solution beaucoup plus coûteuse et moins rapide ; la Russie, la Chine, le Pakistan et l’Algérie préféreront peut-être confier le jugement à la justice soudanaise, unable and unwilling, dit la Commission. Le Conseil de Sécurité tranchera.

Si le silence est assourdissant concernant les crimes contre l’humanité commis dans le Sud, et qu’il semble bien que l’amnistie générale de facto fasse partie des accords non écrits, en droit international ce n’est pas valable ; on s’inquiète de la mise en accusation  des seuls suspects de crimes au Darfour. Est-ce pour laisser entendre à Khartoum que la paix suspendrait les poursuites ?