Le régime tient à l’intégrité territoriale, il aura l’appui des pays arabes et peut-être des pays africains qui craignent pour leurs propres frontières. Ce pourrait être un problème dont l’Europe et les Etats-Unis ne voudraient pas faire une affaire. Ils suggéreraient un retour à la table des négociations ou une extension de la période intérimaire. Les Sudistes ont peu de chance de jamais voir un Sud indépendant.
D’ailleurs l’intégrité territoriale du Sud elle-même est en jeu. Le gouvernement soudanais a procédé à des nettoyages ethniques dans le Haut-Nil en 1999-2002 et dans le royaume Shillouk en 2004. Selon des rapports, des Nordistes s’établissent dans la région. Ils ont été rejoints par des milices janjawid qui ont quitté le Darfour pour échapper à l’ire internationale. Ces milices se trouveraient dans le Haut Nil « pour protéger les installations pétrolières » et on aurait demandé à l’Equipe de Vérification du cessez-le-feu du Sud d’enquêter à ce propos. Le gouvernement a aussi conservé ses milices sudistes dans le Haut-Nil, qui comporte la riche zone agricole de Reno et dont la capitale Malakal a vu s’accroître son arabisation et son islamisation. Il paraît peu probable qu’après avoir autant investi dans la région le gouvernement soit prêt à retirer ses forces, comme le demande un protocole, après deux ans et demi. Le gouvernement annexera probablement le Haut-Nil, après bien sûr, avoir affirmé au monde entier qu’il a l’intention d’appliquer l’accord de paix, qu’il n’a besoin que de temps, que certains détails doivent être perfectionnés, des arrangements administratifs réglés, etc.. Que pourra faire le Sud ? Très peu de chose, la communauté internationale ne soutiendra probablement pas un retour à la guerre, les Etats-Unis sont satisfaits des efforts anti-terroristes de Khartoum et ne souhaitent pas se mettre une autre guerre sur les bras. Le Nord, grâce à l’argent du pétrole, aura renforcé son armée.
A l’inverse de cette analyse, un bruit persistant selon lequel les Etats-Unis aideraient à la construction d’un oléoduc vers l’Ouganda.

Un changement de régime bénéficierait-il au Sud ? La marginalisation du Sud et les promesses non tenues ont commencé avec l’indépendance. Ce régime est celui qui a fait au Sud le plus de concessions sur le papier. Un nouveau gouvernement pourrait demander à renégocier les transactions pour les rendre moins exclusives, en y comprenant tous les partis dont beaucoup ne sont pas d’accord sur la possibilité de sécession du Sud. Le problème principal des gens du Nord n’est pas le Sud mais l’obligation de vivre dans une dictature qui leur impose sa propre interprétation de l’islam. Ce qui n’est pas une raison pour que la communauté internationale soutienne une dictature militaire brutale qui oppresse son peuple de manière totalement inacceptable.