Pendant la période intérimaire précédant le référendum d’autodétermination, les Forces Armées soudanaises et l’Armée de Libération du Peuple du Soudan (ALPS) seront séparées et traitées également. L’armée soudanaise se retirera du Sud dans les deux ans et demi suivant la signature de l’accord de paix  et sera redéployée sous surveillance internationale au nord de la frontière Nord/Sud du 1/1/1956, abandonnant non seulement Juba, Wau et Malakal, mais surtout les champs pétroliers. L ’ALPS se retirera au sud de ladite frontière sous surveillance internationale, abandonnant les Monts Nouba, le Nil Bleu Sud et la région d’Abyei, dès que les « Unités Jointes Intégrées » seront mises en oeuvre. Les deux forces seront réduites proportionnellement « en temps utile ». Le Mouvement de Libération du Peuple du Soudan (MLPS) s’engage à absorber dans les institutions du Sud-Soudan tant les soldats des Forces Armées Soudanaises originaires de la région, que les démobilisés de l’ALPS. Des programmes seront mis au point avec l’assistance de la communauté internationale au bénéfice de ceux qui seront démobilisés, soldats des Forces Armées soudanaises originaires du Nord, et de l’ALPS. La grande nouveauté est la formation d’Unités Jointes Intégrées, « symbole de l’unité nationale ». Elles consisteront en un nombre égal de membres de l’ALPS et des Forces Armées Soudanaises et compteront plus de 40 000 hommes. (L’armée gouvernementale au Sud compterait 50 000 hommes). Elles seront déployées au Sud-Soudan, à Khartoum, pour protéger les hommes du MLPS, et dans le Soudan Est, sur les bords de la Mer Rouge actuellement occupés par l’ALPS, dans les Monts Nouba, le Nil Bleu Sud mais pas à Abyei, où, selon le bruit qui court il y aurait un référendum. Ces unités relèveront de la présidence, et auront deux chefs d’Etat-Major qui prendront les décisions « par consensus ». Les différentes milices sont supprimées, certains membres pourront rejoindre les forces organisées d’une des deux Parties (armée, police, prisons..), tandis que les autres seront intégrés comme fonctionnaires ou dans les institutions de la société civile. 
Il est précisé que si le référendum est en faveur de l’unité, les deux armées feront entièrement partie des Unités Jointes Intégrées; dans le cas contraire les forces armées soudanaises et l’ALPS reprendront leurs hommes. Cela allait sans dire, cela va mieux en le disant.

Cet accord sera souvent difficile à mettre en oeuvre, on songe au consensus nécessaire entre les deux chefs d’Etat-Major des Forces Jointes et à l’insertion des Sudistes membres de l’armée gouvernementale dans les institutions du Sud-Soudan.
Cet accord n’est pas complet. Il n’est dit, ni qui exécutera le démantèlement des milices, ni si les miliciens pro-gouvernementaux sudistes devront lors de leur démobilisation  être réinsérés au Nord ou au Sud, ni si l’ALPS sera à la charge du gouvernement central, ni quand les deux armées devront réduire leurs forces. Les détails d’un cessez-le feu définitif sont laissés à plus tard, de même que ceux de l’organisation des Unités jointes. La question fort importante des terrifiantes forces de Sécurité du gouvernement central sera traitée avec le partage du pouvoir.
Cette convention conclue quasiment sans intervention des médiateurs de l’IGAD, a demandé beaucoup d’imagination: le gouvernement soudanais tenait à une seule armée tandis que l’ALPS  voulait perdurer pour assurer la tenue du référendum. L’on ne peut que se féliciter du résultat.

Le président Béchir a apparemment lâché du lest. Est-ce dû à l’appel téléphonique de Colin Powell le pressant de faire la paix ? Ou au conseil de Talleyrand : « Le but de la diplomatie n’est pas d’avoir raison de l’adversaire, c’est d’éviter de l’humilier » ? Ou encore à la situation au Darfour ? Là les rebelles exigent un gros effort de développement qui ne sera possible que lorsque la paix apportera ses dividendes. 
Les pourparlers  entre Taha et Garang reprendront mi-octobre.