Le statut de la capitale nationale :  Le M/ALPS souhaite qu’elle soit laïque au moins dans la partie où se trouve le gouvernement central. Les sudistes de tous les partis ne veulent pas vivre dans un Etat islamique ; les parlementaires, membres du gouvernement et autres sudistes doivent se sentir libres à Khartoum.  Les partis musulmans d’opposition du Nord, l’Umma, le DUP, et même le parti de Tourabi soutiennent ce point de vue. Seul, le gouvernement soudanais répond que cette question a déjà été décidée à Machakos quand il fut dit que le Sud serait laïque et le Nord islamiste. De plus, a déclaré Béchir le 18 juin :  «  Khartoum ne redeviendra jamais une capitale laïque, nous avons été contraints de faire le coup d’Etat du 30 juin [1989] du fait d’un complot contre la sharia et des efforts engagés pour l’abroger ». C’est la première fois que Béchir s’explique ainsi sur le coup d’Etat, et le complot était un processus de paix fort avancé qui aurait évité 14 ans de guerre au Soudan. Enfin, une fatwa, édit religieux sûrement télé-guidé, a déclaré que les communistes, socialistes et autres tenants d’une loi non-islamique, sont des apostats qui méritent d’être tués. Cette fatwa a été signée par 14 savants éminents dont deux professeurs d’université. Entre la paix et un islam radical, Khartoum choisit l’islam radical.

Le partage du pouvoir : Un premier point de désaccord concerne la présidence. Tandis que le M/ALPS demande une présidence tournante, les trois premières années avec Béchir comme Président et Garang comme vice-Président, les trois années suivantes avec Garang comme Président et Béchir comme vice-Président, Khartoum n’offre au M/ALPS qu’une seconde vice-présidence, titre sans pouvoir, traditionnellement accordé à un sudiste. Un autre problème concerne le pourcentage de sudistes dans les institutions nationales. Disant représenter aussi les trois régions marginalisées (Nouba, Funj, Abyei), le M/ALPS réclame 40% de tous les ministères, y compris l’Intérieur, les Affaires Etrangères, la Justice, l’Economie et le Pétrole, ordinairement jamais confiés à des Sudistes.

Le partage des richesses : Le contentieux provient d’opinions divergentes sur la propriété de la terre. Pour le Nord  toute terre appartient à l’Etat sauf titre clair, pour le Sud la propriété de la terre est communale, sauf titre clair. Cela amène les habitants des régions pétrolières qui ont particulièrement souffert, à réclamer la propriété du pétrole. Le M/ALPS a demandé d’abord 80% des revenus pétroliers, citant comme raisons la propriété de la terre et le besoin de développement du Sud, il a composé à 60%.  Des analystes pensent qu’il accepterait 50%. Mais Khartoum a offert 5% puis 10%, disant que la reconstruction du Sud était sa responsabilité. Le général Sumbeiywo a déclaré à des journalistes que 10% étaient mieux que rien, ce que le Sud a  maintenant, et que l’affaire pourrait être renégociée après la paix, une attitude extraordinaire venant d’un médiateur neutre. Ce qui n’est pas clair est ce qui se passerait si le Sud votait pour l’indépendance lors du référendum d’auto-détermination. Il semblerait normal que les pétroliers renégocient leurs contrats avec la nouvelle puissance. 
Un autre point concerne le statut des banques, actuellement toutes islamiques, sauf une banque sise dans le Sud à Yambio en zone M/ALPS. Ce dernier composerait avec l’établissement d’une banque centrale pour le Sud-Soudan ayant sa propre monnaie.

La sécurité : Le M/ALPS demande deux armées séparées pendant la période intérimaire, le gouvernement se retirant au nord du 13 ème parallèle, l’ALPS au Sud du 12ème parallèle avec une zone tampon entre les deux, les milices étant incorporées dans les deux armées. Le gouvernement demande une seule armée. Khartoum démantèlerait subrepticement ses milices alliées qui avaient signé l’accord de Khartoum de 1997 : cet accord qui fut inclus dans la constitution prévoyait deux armées pendant la période intérimaire précédent le référendum. Tous les Sudistes soutiennent de toutes leurs forces la position de l’ALPS ; ils se souviennent de la rupture des accords de paix d’Addis-Abeba de 1972, alors que les forces sudistes avaient été  intégrées dans l’armée nationale, et n’ont confiance qu’en l’ALPS pour que le référendum d’autodétermination ait bien lieu. Khartoum, avec toutes ses promesses affirme qu’il ne tolèrera pas une sécession.

Les points à éclaircir :  Le M/ALPS demande des éclaircissements sur la date du référendum d’autodétermination et sur les électeurs, citant l’exemple du Sahara Occidental où le régime au pouvoir amena assez d’étrangers à la région pour obtenir le résultat voulu. Elle demande aussi des éclaircissements sur le gouvernement du Sud-Soudan pendant la période intérimaire. Elle demande encore des éclaircissements sur la constitution  qu’elle veut changer alors que le gouvernement souhaite l’amender légèrement. Enfin Béchir a suggéré la tenue d’un référendum pendant la période pré-intérimaire pour sanctionner les accords de paix. Garang qui y voit un moyen pour trouver le référendum d’autodétermination inutile, dit  que ce premier référendum ne pourrait avoir lieu dans le Sud chaotique, et donc qu’il serait néfaste.

Les régions marginalisées : Les débats se poursuivent avec les mêmes médiateurs, mais parallèlement.  (Lire l’article de l’International Crisis Group)