Commandement et contrôle
Les représentants du gouvernement ont essayé à la fois, d’attribuer à l’ALPS la responsabilité des récents combats, et de suggérer qu’en tous cas, les milices sont une force indépendante pour les activités desquelles Khartoum ne peut être tenu responsable. Cependant, Ali Hamid al-Amin, un membre de la délégation gouvernementale aux pourparlers de l’IGAD a confirmé indirectement le contrôle par l’armée des milices alors qu’il niait la responsabilité gouvernementale dans les derniers combats : «  La référence [des Etats-Unis] à la violation du cessez-le-feu est incorrecte. Les forces Nationales Populaires qui obéissent à l’armée gouvernementale [c’est nous qui soulignons], se sont attaquées à une offensive ALPS contre leurs positions dans le Haut Nil Ouest... »
La responsabilité du gouvernement pour les actions des milices est claire... Beaucoup de témoins oculaires confirment qu’au moins deux attaques de la milice à Lingera, située juste au nord de Tam, furent soutenues par des hélicoptères et de l’artillerie à longue portée, systèmes d’armes que seul le gouvernement possède. Les attaques par ailleurs, étaient cohérentes avec des opérations jointes conduites pendant des périodes antérieures.

Organisation
Le gouvernement du parti du Congrès National a plus institutionnalisé l’usage des milices qui étaient déjà un élément de la stratégie de combat de Khartoum quand il est venu au pouvoir. Deux branches principales de milices existent, -celle du Nord et celle du Sud. La structure de combat des 25 milices ethniques sudistes est centralisée sous le commandement de l’armée dont le département des renseignements militaires surveille les opérations. Le commandement autonome des Forces de Défense Populaires (FDP, Nord) surveille les groupes de milices qui sont recrutées parmi les communautés arabes nomades, les Baggara (vachers) venus de la zone du Nord proche du Sud et les Mujahedin volontaires (guerriers saints), recrutés dans le Nord. 

Sous le Président Nimeiri, l’armée avait conclu un cessez-le-feu en 1984 avec plusieurs factions qui avaient perdu le combat pour la direction de la rébellion sudiste au profit de l’ALPS naissant. Il créa alors plusieurs unités des « forces amies ». Un certain nombre de ces factions- en prédominance Nouer- s’appelèrent « Anyanya ll » d’après le nom de la première rébellion sudiste (1955-1972). Leur région du Haut-Nil Ouest quoique considérée comme l’une des plus pauvres au Soudan, était là où les réserves de pétrole venaient d’être découvertes. L’accord de l’armée en 1984 avec Anynya ll devint un modèle pour des accords avec des groupes sudistes similaires. La charte que le Parlement soudanais adopta en 1987 endossa l’établissement d’une milice tribale la Geish al-Salam (l’armée de la paix) devant être basée à Wau et formée de Fertit, qui sont les rivaux traditionnels des Dinkas, placée sous la juridiction du Département des renseignements militaires. La charte reconnut que les rangs des milices Fertit étaient parallèles à ceux de l’armée, demanda à la milice de participer à des opérations et des convois joints avec l’armée et de lui donner des renseignements. Elle décida aussi que, comme Anynya ll « l’armée de la paix » devait recevoir une formation, des armes, des munitions, des uniformes et autres fournitures.

Aujourd’hui les milices sudistes pro-gouvernementales opèrent sous l’ombrelle de la Force de Défense du Sud Soudan (SSDF). Les 25 groupes différents sont basés de manière ethnique et régionale et totalisent au moins 12 000 combattants. La SSDF fut créée en 1997 à la suite de la signature de l’Accord de paix de Khartoum entre le gouvernement, le Mouvement pour l’Indépendance du Sud Soudan (SSIM) de Riak Machar, et cinq autres factions sudistes. Quoique au début, Riak Machar ait été à la tête du Conseil de Coordination du Sud-Soudan (SSCC) basé à Khartoum et responsable de la SSDF, le gouvernement commença à détacher des factions pour les mettre sous son contrôle plus direct. Le plus grand exemple fut feu Kérubino Kuanyn Bol qui, avec Paolino Matiep aurait été fait major général de l’armée régulière avant d’être tué.
La SSDF garda un rôle cependant, même après que Machar ait quitté Khartoum en 2000 pour former la Force de Défense du Peuple Soudanais ( la SPDF, qu’il unit récemment à l’ALPS). Paolino Matiep fut nommé chef d’état-major en avril 2001 à une conférence à Juba à laquelle assistaient plus de 100 officiers sudistes de l’armée et commandants de milices. Cette conférence a annoncé un cessez-le-feu pour organiser la fusion des diverses milices, l’égalisation des rangs et de la hiérarchie, et la création d’une structure de commandement unifiée. Elle décida aussi de lier la SSDF avec l’Armée de manière cohérente. Le bureau maintenant directement responsable des forces SSDF et d’autres milices sudistes, s’appelle Al Quat al Wataniya al Shaabiya (Forces Populaires Nationales).

Le gouvernement a manipulé les différends à l’intérieur des milices Nouer et entre l’ALPS et elles, pour fortifier sa position dans le Haut Nil Ouest. En 1997-1998, Riak Machar et Paolino Matiep alors qu’ils étaient tous les deux soutenus et armés par le gouvernement se combattirent férocement, leurs compatriotes civils Nouers étant les principales victimes. La nouvelle défection de Machar vers l’ALPS promut une grande offensive gouvernementale un mois plus tard, le long de la route pétrolière de Bentiu à Leer. Des quantités de civils furent tués lors d’attaques et quelques 50 000 personnes furent contraintes à s’enfuir.

Que la même région ait été visée dans l’offensive récente dont l’avant-garde furent les milices Nouers, souligne la cohérence de la politique gouvernementale. La complicité des commandants Nouers dans la dévastation de leur patrie reflète à la fois le succès du gouvernement à manipuler les problèmes intra-communautaires et le désir irrésistible de beaucoup de dirigeants de milices de participer sur un pied égal avec l’ALPS au processus de paix.

Le Haut-Nil-Ouest est la région du Sud qui a le plus de milices contrôlées par le gouvernement à cause de l’effort de Khartoum de diviser la direction Nouer pour affaiblir les défenses communautaires [le texte cite 14milices]. Le groupe de Matiep a des centres de détention secrets à Maygoma et Kalakla [banlieues de Khartoum] où il retient des jeunes gens recrutés de force.
Une force dormante de quelques 300 combattants, surtout Shillouk, restes de la milice ALPS Unifiée de Lam Akol, est basée à Fachoda. Trois autres forces SSDF dans la région du Haut-Nil se sont séparées de Lam Akol et sont actives.

Dans le Bahr el Ghazal la principale milice, « l’Armée de la Paix », recrute essentiellement dans la communauté Fertit. Autrement la région a été dévastée par des années de raids de milices recrutées essentiellement de Baggara, de Misseiriya du Sud Kordofan, et de Rizeigat du Sud-Darfour, connus sous le nom générique de Murahleen (voyageurs). Un de ces groupes recrute des Dinka Molwal, enlevés quand ils étaient enfants et élevés avec les Misseiriya.

L’Equatoria a été un terrain fertile pour les milices pro-gouvernementales à cause de la manière brutale avec laquelle l’ALPS traita les habitants pendant ses premières incursions dans la région à la moitié des années 80, et de l’arrivée de nombreux Dinkas qui avaient été déplacés dans les combats inter ethniques qui éclatèrent à la suite des divisions à l’intérieur de l’ALPS en 1991. Une milice Toposa et une milice Murle protègent les pâturages contre les bergers Dinkas et Nouers. Une milice Mundari est basée à Térakaka, dirigée par Keleman Wani qui fut officier de carrière dans l’armée puis commissaire à Térakaka. La force de Défense Equatorienne (EDF), commandée par Martin Kenyi, basée à Juba, recrute essentiellement chez les Acholi. Le coordinateur de l’EDF est Theopolis Ochang, médecin à Juba et ministre de la santé du SSCC.

Compensation et Recrutement
Le gouvernement paye des montants élevés en argent liquide aux commandants des milices sur une base régulière pour s’assurer de leur allégeance, mais ne paye pas les miliciens. Il leur accorde des compensations ou l’opportunité de se compenser eux-mêmes. Par exemple, il a donné des primes en retour de la participation à la reprise de la ville stratégique de Torit. [ Le pillage est la grande manière de se compenser]. Le recrutement forcé dans les rues des environs de Khartoum et dans des zones rurales du Sud leur permet de faire racheter par les familles leurs fils pris dans la rafle. Le prix pour libérer un non Nouer serait d’à peu près 100 $, tandis qu’une famille Nouer devrait payer quatre fois ce montant. Une nouvelle série de recrutements forcés commença fin décembre 2002 pour préparer l’offensive du Haut-Nil-Ouest. De nombreuses histoires recueillies lors d’interviews indépendants de prisonniers de guerre ALPS, représentent un plan d’enlèvement organisé de jeunes hommes Dinkas et Nouers. Le caractère public de ces actions à grande échelle implique le consentement du gouvernement. Un prisonnier de guerre dit avoir été capturé à Khartoum ainsi que des camarades de classe, le 3 janvier 2003, alors qu’il rentrait à la maison de l’école Saint-Augustin. Les bras liés, il fut transporté en camion à Mankien. Après seulement un jour d’entraînement, on lui donna une arme et on l’envoya au front. Des garçons racontèrent des histoires similaires d’enlèvements à Juba, Bentiu et dans des villages Nouers Boul à travers tout le Haut-Nil-Ouest.

Pris ensemble, le soutien de l’armée aux opérations des milices, leur commandement institutionnel, leur contrôle et leur financement, et les circonstances d’une campagne de recrutement forcé au cœur des régions contrôlées par le gouvernement, montrent à l’évidence que Khartoum porte la responsabilité de l’offensive dans le Haut-Nil-Ouest.

Importance des milices dans le processus de paix
Les milices reflètent les dimensions locales de la guerre civile qui ont leur propre dynamique. Si le processus de paix ne prête pas plus attention à ces facteurs locaux, il pourrait facilement se détruire, même si un accord national devait être signé. En fait, la récente offensive est arrivée en un temps où de nombreux efforts étaient faits pour forger une unité plus large du Sud. Des réunions de la société civile du Sud et de l’Eglise les aidèrent à faire pression sur tous les participants à Machakos, et particulièrement sur l’ALPS, afin que leurs voix soient entendues à la table de négociations. Ces militants de la société civile sudiste et de l’Eglise virent rapidement que les milices étaient une menace immédiate au processus de paix ; ils commencèrent un dialogue auquel participaient l’ALPS et les milices gouvernementales. Au cours des premières discussions un certain nombre de commandants de milices ont exprimé leur intérêt à se joindre à la troisième session du « Dialogue Sud-Sud sur la Réconciliation et la Bonne Gouvernance » qui se réunit en décembre  sous les auspices du Conseil des Eglises du Nouveau Soudan. Un commandant supérieur de milice déclara «  nous savons que nous avons fait beaucoup de mal les uns aux autres. Nous devons nous pardonner les uns les autres ». La position de l’ALPS était qu’elle négociait avec le gouvernement à Machakos pour le compte du Sud, et que donc, elle était ouverte à recevoir les contributions de toutes les factions sudistes, y compris des milices pro-gouvernementales. Des groupes qui avaient auparavant fait partie de l’ALPS seraient les fort bienvenus, et une amnistie générale serait offerte aux autres milices. Le désir de certains dirigeants importants de milices de se réconcilier avec l’ALPS est très réel. Des dirigeants de milices qui abandonnèrent l’ALPS dans le passé pour des raisons idéologiques, trouveraient très difficile d’y revenir à moins que le mouvement n’ait une plus grande démocratie interne. Des dirigeants de milices arguent qu’ils ne sont pas liés par l’accord de cessation d’hostilités du 15 octobre 2002 entre le gouvernement et l’ALPS, parce qu’ils n’ont pas pris part aux négociations et que maintenant ils devraient être inclus dans le processus de paix indépendamment de l’ALPS. Ils ont exprimé leur ressentiment contre « la politique d’exclusion de l’ALPS ». Un porte-parole SPDF a dit : « Nous savons que nous protégeons le gouvernement et que des Sudistes en meurent, mais c’est mieux que d’être commandés par Garang », un autre dit : « L’ALPS pense que nous ne sommes pas des hommes. Nous leur montrerons que nous sommes des hommes ». Les dirigeants des milices pro-gouvernementales veulent être inclus dans le processus de paix de l’IGAD parce qu’ils ne font pas confiance aux parties pour s’occuper de leurs soucis. Ils n’accepteraient pas d’être désarmées pendant la période intérimaire parce qu’il n’y aurait pas de dispositions claires pour leur réintégration, que ce soit dans la vie militaire ou civile.

Ramener au moins un bon nombre de ces 25 destructeurs potentiels devrait être la priorité numéro un de l’ALPS, parce qu’un Sud unifié aurait des positions militaire et diplomatique plus fortes, ce qui donnerait à la rébellion suffisamment de confiance pour prendre les décisions difficiles. Pour que ceci devienne réalité, l’ALPS, conduite par Garang, doit apporter des changements tangibles à sa gouvernance. Le gouvernement que l’on imagine mal voir une réconciliation ALPS/milices avec égalité d’âme, peut avoir encouragé la récente offensive en partie pour empêcher cette réconciliation.

La menace que le Sud puisse se désintégrer en fiefs dominés par des seigneurs de la guerre, est tout à fait réelle. Le chaos pourrait faire irruption à Juba, Torit et autres si l’ALPS essayait d’y entrer sans s’être auparavant entendue avec les milices qui considèrent ces régions comme leur propre pré. Comme l’un des chefs de milices l’a déclaré : « On doit prendre tout le monde au sérieux si les pourparlers de Machakos doivent s’achever par un accord de paix. Sans la participation de la SSDF, de l’EDF et des autres, il y aura la guerre ».