Les derniers pourparlers entre le gouvernement de Khartoum et l’Armée de Libération du Peuple Soudanais ont été interrompus sans que les Parties n’aient pu atteindre un compromis sur les détails du partage du pouvoir et des richesses pendant les six ans d’administration transitoire. En dépit des pressions acharnées des médiateurs de l’Afrique de l’Est et de leurs partenaires américains, britanniques, italiens et norvégiens, les positions restèrent opposées : l’ALPS demandait 60% des revenus du pétrole. Khartoum en offrait 10.
De même, l’idée ALPS d’une présidence tournante à être partagée entre Béchir et Garang fut refusée net, comme le fut la proposition de compromis offrant la vice-présidence à Garang. Comme le vice-président deviendrait automatiquement président en cas de mort ou d’incapacité du président, Khartoum insiste pour que ce poste soit tenu par un musulman. On offrit à Garang le rôle purement honorifique de second vice-président, au grand amusement de ses détracteurs qui pensent que Khartoum a un tel mépris pour les Sudistes, qu’il n’offre même pas un pot-de-vin convenable. 
L’un d’entre eux a dit: « Au moins Judas fut payé 30 deniers d’argent. Ils pensent qu’ils peuvent acheter notre peuple pour un seul ».
En ce qui concerne le statut de la capitale fédérale de Khartoum, le porte-parole de l’ALPS Samson Kwaje expliqua : « Si nous devons avoir un gouvernement d’unité, nous devons avoir une capitale où nous opérons tous sans lois spécifiques, religieuses ou autres. Si nous voulons un gouvernement d’unité pendant les 6 ans de transition nous devons avoir une capitale séculière ». Mais Béchir répéta : «  Ce gouvernement n’abandonnera jamais la loi islamique et Khartoum ne deviendra jamais laïque ».
Le protocole de Machakos signé le 20 juillet affirme que « le gouvernement national prendra en compte dans toutes ses lois la diversité religieuse et culturelle des Soudanais ». Le Sud-Soudan devrait être exempté de la sharia, mais la législation décrétée nationalement serait basée sur la sharia et « le consensus populaire ». Il n’a  défini ni le partage du pouvoir ni le statut de la capitale.
La discussion des frontières fut aussi laissée en dehors, particulièrement celles des « régions marginalisées » que l’ALPS affirme appartenir au Sud. Tandis que les médiateurs se sont efforcés d’obtenir un compromis entre l’unité et la division, ils ne prirent pas en compte que la position de repli de l ’ALPS n’est pas tant l’indépendance du Sud, mais de tout ce qu’elle appelle le Nouveau Soudan. Ceci inclut les « zones libérées » des Monts Nouba, du Nil Bleu et d’Abyei. L’ALPS et les forces de l’Alliance contrôlent aussi une grande partie des frontières éthiopienne et érythréenne et une partie de la côte de la Mer Rouge, ce qui conduisit Khartoum à se plaindre d’une invasion érythréenne.
Le statut des régions marginalisées est crucial, pas seulement parce que leur inclusion dans une entité sudiste placerait les champs pétrolifères entièrement dans le Sud. Un cessez-le feu humanitaire séparé continue de tenir dans les Monts Nouba suivant l’accord suisse de Burgenstock en janvier qui mit fin à des années de blocus de l’enclave rebelle.
Quoique ce cessez-le feu fût censé agir comme un modèle pour le reste du pays, l’absence de substance politique du processus de Burgenstock risque de le miner. Des délégués des deux côtés des Monts Nouba et du Haut-Nil Bleu projettent maintenant de se rencontrer à Kampala pour atteindre une position commune à l’égard des pourparlers de paix,  mais leurs positions semblent polarisées. L’ALPS veut que ces régions soient transférées au Sud, d’autres veulent quelles rejoignent le Nord et beaucoup souhaitent devenir une troisième entité indépendante. Presque tous sont terrifiés par le partage du pays et redoutent que leurs intérêts soient compromis durant de futures négociations. 
Les Parties se mirent d’accord sur un cessez-le-feu général pour tout le pays en octobre. A la dernière minute des pourparlers, il fut étendu jusqu’en mars, bien qu’il n’ait pas été pleinement mis en oeuvre et que les deux Parties s’accusent mutuellement de violations. Le cas le plus sérieux concerne la frontière érythréenne après que les forces rebelles aient coupé la grande route Khartoum Port-Soudan.
Ce combat est un effort de l’Alliance Nationale Démocratique (l’opposition du Nord) pour se rendre à la table des négociations », et éclaire la défaillance du processus de Machakos à amener tous les participants. Ceci inclut la société civile, les syndicats et l’Eglise aussi bien que les forces politiques et régionales jusque là exclues des négociations.
Le Soudan a essayé de créer un axe anti-Asmara en cultivant les forces d’opposition érythréennes et en formant une alliance avec l’Ethiopie et le Yémen. Accuser Asmara de monter des incursions en arguant que le front Est était exclu du cessez-le-feu, parce qu’il s’agissait d’une défense contre une agression internationale, pourrait fournir un casus belli parfait mais manquerait de prendre en compte des développements géo-politiques récents.
Tandis que l’ALPS affirme qu’elle ne continuera à respecter le cessez-le-feu dans le Sud que s’il est observé à l’Est, l’utilisation par les Etats-Unis du port de Massawa (Erythrée) pour de futures opérations dans le Golfe refroidissent les plans plus belliqueux du gouvernement soudanais [...].

Le refus du gouvernement de faire des concessions au cours des pourparlers de paix  pourrait renforcer le soutien des faucons mais seulement en lui faisant perdre sa maîtrise sur le reste du pays. Maintenant, soutenu par la loi américaine « Paix au Soudan » et par les promesses d’aide massive américaine si Khartoum n’apportait pas la paix, l’ALPS est tout à fait satisfait d’attendre le moment où Béchir s’inclinera.