Certes, l’opposition traditionnelle, intérieure et émigrée, aurait voulu être présente aux négociations pour que cette paix engage la nation et ne fortifie pas Béchir sur le plan intérieur et international ; c’est ce qu’ont dit le PDU et l’Umma qui trouvent des mérites au protocole. Comme le parti arabe Baathiste et le PC, ils redoutent de se retrouver face au Nord en cas de sécession  si la paix n’instaure pas la démocratie. Que ce protocole décide des droits d’un futur  gouvernement central concernant la charia dans la partie du pays qui n’est pas en guerre, a paru la goutte d’eau qui fait déborder le vase. La charia n’est pas populaire au Nord, a-t-on entendu. Beaucoup rappellent que le régime actuel est venu au pouvoir par un coup d’Etat il y a 13 ans pour arrêter un processus de paix très avancé basé sur la laïcité. Devant cette levée de boucliers, une rencontre a été organisée par l’Erythrée chez elle début septembre entre le gouvernement d’une part, les membres de l’opposition émigrée et ses forces armées de la Mer Rouge, de l’autre.
Le congrès National Populaire de Tourabi, co-auteur du coup d’Etat de 1989, évincé par Béchir en 1999, a déclaré que des questions comme la charia et l’unité ne doivent faire l’objet d’aucun compromis.
Béchir aurait des problèmes avec ses supporters islamistes, Qatbi el Mahdi, conseiller de Béchir, expliqua que l’accord ne veut pas dire que Béchir accepte la partition du pays. « Nous encourageons l’unification volontaire des sudistes. Sinon les négociations doivent recommencer ». Sont mécontents, le Premier Vice-Président Ali Osman Mohamed Taha, et d’autres faucons comme Nafie Ali Nafie qui, selon les informations de la journaliste Julie Flint publiées dans The Lancet, aurait activement recherché le soutien de leaders sudistes collaborateurs qui ont tout à perdre de la paix, tel Paolino Matip dont la milice criminelle massacre en région pétrolière. Comme Tourabi, ces islamistes ne sont pas d’accord pour que la  charia ne soit plus source du droit au Sud, ce qui, selon eux, diminuerait la main-mise de Khartoum sur les régions pétrolières et handicaperait l’expansion de l’islam au Sud du Soudan.
Les non-musulmans voudraient ne pas être astreints à la charia, même dans le Nord ; beaucoup de Sudistes ont peur que les promesses ne soient pas tenues, trouvent six ans et demi long ; les Nuba et autres voudraient être sûrs qu’ils font partie du Sud ; les Eglises signalaient les chausse-trappes à éviter lors de la seconde session..

Pendant ce temps, le monde entier se réjouit et félicita. La jeune Union Africaine ne fut pas la dernière, elle n’est donc pas aussi à cheval sur les frontières héritées du colonialisme que feue l’OUA. Les pétroliers se félicitèrent discrètement. A ce concert une fausse note, le profond mécontentement égyptien.
Outre l’éternelle question des eaux du Nil, le Caire redouterait qu’un Soudan réduit à sa partie Nord soit très islamiste et dangereux pour lui. Le président Mubarak a montré sa mauvaise humeur en refusant de recevoir le vice-président de la république Taha. et a écrit à Béchir un plaidoyer en faveur de l’unité du Soudan. La presse égyptienne dans son ensemble s’est prononcée violemment contre le référendum d’autodétermination en tonnant contre les Etats-Unis, sans toutefois faire d’autres suggestions. Toutefois un journaliste indépendant a eu le courage d’écrire que l’Egypte n’ayant rien fait d’utile pour la paix en 19 ans était en mauvaise position pour blâmer, et que si l’indépendance du Sud ne lui plaisait pas, elle devait aider au développement du Sud de telle sorte que les Sudistes votent pour l’unité. Ce raisonnement a été repris  avec énergie par Khartoum auprès de l’Egypte et des pays arabes.