Quelles sont les limites géographiques du Sud? C’est un des nombreux non-dit du texte. Pour le Président soudanais Béchir, le Sud s’arrête à la frontière nord du Bahr el Ghazal et du Haut-Nil. L’ALPS voulait ajouter à ce Sud stricto sensu, les Monts Nuba, le Nil Bleu Sud et la région d’Abyei peuplée de Dinkas ; depuis Machakos, un groupe de personnalités des Monts Nouba fait du lobbying sur Internet dans ce but. Ou encore, envisagerait-on sur la base de la situation militaire actuelle les régions contrôlées par l’ALPS, c’est à dire la plus grande partie du Sud, une partie des Nouba et du Nil Bleu Sud? Mais, dans cette hypothèse, grande difficulté : dans le Sud stricto sensu Khartoum contrôle plusieurs villes, Juba, Wau et Malakal, Torit..., ainsi que les emplacements pétroliers exploités. Si l’existence d’un Sud autonome et a fortiori indépendant, constellé de zones relevant du Nord paraît difficile, cette éventualité expliquerait l’intense activité militaire actuelle où chaque partie cherche à étendre son territoire.

ETAT et RELIGION
La délicatesse linguistique relevée pour une éventuelle indépendance du Sud se retrouve lorsqu’il s’agit de laïcité : ce mot n’est pas prononcé. Au contraire les deux parties reconnaissent que la religion est une source de force morale et d’inspiration pour tous les Soudanais. Le long chapitre intitulé Etat et Religion décide toutefois de points importants. La charia ne sera pas source de droit dans le Sud, ce qui théoriquement n’est pas une nouveauté. La liberté religieuse et la liberté de culte existeront dans tout le Soudan. La liberté de culte est l’un des seuls passages développés de l’accord, redressant point par point les brimades dont se plaignent les chrétiens et la liberté sera la même pour les religions traditionnelles. Mais le gouvernement central sera-t-il basé sur la charia? Les indices s’opposent. Tout citoyen, quelle que soit sa religion, pourra accéder à tous les postes, y compris la présidence de la République, ce qui est contraire à la charia. L’interdiction soulignée de l’utilisation politique de la religion, semble aller dans le même sens. Par contre, le gouvernement central a le droit d’imposer au seul Nord les lois inspirées de la charia, ce qui sous-entend peut-être qu’il n’est pas laïc.
Après le 20 juillet Béchir et Garang se sont rencontrés. C’était pour se serrer la main, encourager les pourparlers et non pour conduire une négociation parallèle. Selon Béchir « quand la confiance sera restaurée, Garang et moi nous nous unirons en un grand parti ». Garang  quant à lui, rapporte avoir dit à Béchir qu’il voulait faire un grand parti dont les membres viendraient du Soudan tout entier. Il se serait engagé à faire campagne pour l’unité au moment du référendum si Béchir « tient ses promesses pendant la période intérimaire ».

NOUVEAUX POURPARLERS en COURS
Les pourparlers ont repris le 12 Août ; ils concernent le partage du pouvoir, celui des richesses, les formes précises de gouvernement, la sécurité, le sort des armées et milices, et un cessez-le-feu général. Le partage du pouvoir, se situe d’abord entre le gouvernement central et le gouvernement autonome. L’accord de paix de 1972, n’avait pas donné une véritable autonomie au Sud, puisque la planification et les finances étaient décidées au niveau national ;et que le Président de la République avait le droit de dissoudre les organismes régionaux et de démettre les responsables. Ce nouveau partage de pouvoir devrait se traduire aussi par l’entrée de membres du M/ALPS au niveau fédéral, on parle de Garang comme premier vice-président, ou même d’une présidence Béchir/Garang en temps partagé pendant la période intérimaire.
Khartoum pourra plus facilement se montrer généreux pour le partage des richesses. La paix permettrait d’augmenter les concessions exploitées et donc la totalité de la manne ; le gouvernement n’aurait plus théoriquement de dépenses militaires. Mais il a peut-être déjà engagé des revenus à venir dans ses très importants investissements en armes. 
Les formes du gouvernement, son degré de démocratie dont dépendent les libertés, donneront lieu à des débats délicats. Aucune des deux parties n’a de mandat démocratique et la gloire d’avoir fait la paix n’empêcherait peut-être pas Béchir et même Garang d’être évincés lors d’une consultation. Ils risquent d’être prudents.
Autre question difficile à trancher : que faire des armées et milices? L’ALPS voudrait que toutes les forces gouvernementales soient retirées du Sud ce à quoi le gouvernement est peu disposé, il craint que cela ne corresponde à une sécession de facto. Selon John Prendergast, leur présence même bien cantonnées, même désarmées, rappellerait les années de guerre et serait peut-être néfaste au désir d’union. Garang voudrait la suppression des forces de sécurité politique, ce qui serait une bénédiction pour tous les Soudanais, mais risqué pour le régime. Enfin il faudra bien définir le Sud.
Enfin un cessez-le feu général couronnerait le tout.

QUE CRAINDRE? QU’ESPERER?
Que craindre, qu’espérer outre la solution des problèmes en suspens? Le protocole n’avait au 20 juillet aucune garantie internationale. Déjà trop de promesses de Khartoum n’ont pas été tenues, selon le titre d’un livre célèbre d’Abel Alier. A la suite du 11 septembre et de la crainte que l’ire américaine à l’égard des Etats réputés terroristes avait suscitée, Béchir a plié sans forcément se convertir pour autant. Combien de temps ire et crainte dureront-elles?. Ce référendum aura-t-il oui ou non lieu dans six ans et demi? C’est la clé de tout. 
Machakos semble toutefois la meilleure chance de paix depuis le coup d’Etat de 1989.

*Le triptyque des sages de l’IGAD, médiateur de l’Afrique Orientale au conflit, peignait depuis 10 ans un Soudan laïc et démocratique avec partage des richesses, et un référendum d’autodétermination du Sud pouvant conduire à l’indépendance. Après avoir promis mainte fois l’autodétermination, Khartoum renâclait. De nouveaux pourparlers de l’IGAD entre le gouvernement soudanais et le M/ALPS en juin/juillet, se tinrent à Machakos, Kenya  en présence d’observateurs étrangers représentant leur pays : les Etats-Unis redoutés de Khartoum à cause de son passé chargé de terrorisme, la Grande-Bretagne, l’ancienne puissance colonisatrice, l’Italie, très impliquée dans la région et la Norvège qui a une réputation de capacité à résoudre les conflits.